В начале игры Вам предложат выбрать, за кого Вы будете играть. За мальчика или за девочку. Потом профессор Бирч (Prof. Birch) представится Вам, и расскажет о мире покемонов.
Сама игра начинается с того, как Вы выходите из грузовика. Рядом стоит ваш дом (левый, если играете за мальчика или правый, если за девочку). Идите наверх, там ваша комната. На стене висят часы. Поставьте на них время. Теперь выходите из комнаты. По телевизору показывают репортаж про Нормана (вашего отца) который является джим лидером Петалбурга (Petalburg City).
Выходите из дома и идете в лабораторию профессора Бирча (Prof. Birch's Pokemon Lab). Самого профессора там нет, Вам скажут, что он исследует покемонов где-то поблизости. Теперь выходите из города. Вы увидите как на профессора Бирча напала Poochyena, подойдите к рюкзаку лежащему на земле. В нем лежат три покебола, а в них покемоны. Выбраный покемон в последствии станет вашим стартовым. Как только Вы выберете покемона начнется битва. Победив Poocheyna поговорите с профессором. Вы переместитесь в его лабораторию, там он отдаст Вам выбранного Вами покемона. И скажет что его сын\дочь Брендан (Brendan)\Мей (May) (если Вы играете за мальчика, то это будет Мей, если за девочку, то это будет Брендан) находятся на 103 маршруте. И было бы не плохо чтобы Вы с ним\ней познакомились. Согласитесь с ним и выходите из города.
Идите на север по 101 маршруту.
Скоро Вы окажетесь в Олдейле (Oldale Town). Там есть покецентр и магазин, только покеболов в нем еще не продают (говорят, что все уже распродали). На севере города находится тот самый 103 маршрут. В конце которого стоит Брендан\Мей. Он\она захочет с Вами сразиться. У него\нее покемон превосходящий вашего по типу на 5 уровне. Победив, возвращайтесь в лабораторию профессора Бирча. Он даст Вам покедекс (pokedex), а Брендан\Мей даст Вам 5 покеболов. Теперь Вы сможете покупать покеболы в магазинах.
Идете в Олдейл (Oldale Town), а от туда на запад. Там будет несколько тренеров. В траве можно поймать zigzagoon, poochyena, wurmple, а если повезет то и ralts. Дойдя до конца маршрута Вы окажетесь в Петалбурге (Petalburg City). Идите в джим (gym) там Норман (Norman) скажет Вам, что сразится с Вами позже, когда у вас будет достаточно опыта. В это время в джим войдет мальчик по имени Велли (Wally). Он пришел чтобы получить своего первого покемона. Ему дадут Zigzagoon. И Вы вместе пойдете ловить еще одного покемона. На этот раз он поймает Ralts.
Теперь идите на запад, а потом сворачивайте на север и заходите в Петалбургский Лес (Petalburg Woods). В лесу можно найти скрытые предметы (смотрите в траве места, где вместо травы пусто). Поговорите с рабочим из Devon Corporation, во время разговора придет член Команды Аква\Магма (Аква, если Вы играете в Sapphire, Магма, если в Ruby). Он попытается напасть на того человека, но Вы встанете на его защиту. У аквовца\магмовца будет Poochyena 9 уровня. Победите его и рабочий даст Вам Great Ball.
Продолжайте идти на север, и Вы выйдете из леса. Рядом с выходом стоит цветочный магазин (Pretty Petal Flower Shop) в котором Вам дадут Wailmer Pail. 
Им можно поливать ягоды, чтобы те быстрее росли. Мальчик рядом с магазином даст Вам TM09 (Bullet Seed). Идите на восток, а затем через мост. На мосту Вы сможете в первый раз сразиться в битве 2 на 2 покемона. Пройдя через мост, идите на север и окажитесь в Рустборо (Rustboro City). Зайдите в домик неподалеку от покецентра (Cutters House) человек в нем даст Вам HM01 Cut. С помощью него можно срезать кустики, но только если у вас есть Stone Badge. Зайдя в местную поке-академию можно получить Quick Claw. Этот предмет позволяет Вам атаковать первым (если конечно противник не использует атаки позволяющее нападать первым, к примеру Quick Attack).
Ну, а теперь в джим. Лидер Роксана (Roxane) использует каменных покемонов. У нее Geodude 14 уровень и Nosepass 15 уровень. После победы она даст Вам Stone Badge (значок камня) который повышает атаку ваших покемонов и позволяет использовать HM Cut в не боя. А также она даст Вам TM39 (Rock Tomb).
Когда Вы выйдите из джима, то увидите как член Команды Аква\Магма своровал Devon Goods у того самого рабочего, которого Вы видели в Петалбургском Лесу (Petalburg Woods). Он попросит вас помочь вернуть их. 
Идите на восточный маршрут. Там будут еще несколько тренеров, а в конце маршрута пещера. Рядом с пещерой стоит Mr. Briney он скажет Вам, что у него пропала Peeko. Заходите в пещеру. В ней стоит член Команды Аква\Магма, а рядом с ним Peeko. У него будет Poochyena на 11 уровне. После победы он даст Вам украденные Devon Goods. Придет Mr. Briney и возьмет Peeko.
Теперь возвращайтесь в Рустборо (Rustboro City). У входа в город вас встретит рабочий из Devon. Он даст Вам еще один Great Ball и проводит к президенту Devon. Они попросят вас доставить Devon Goods в Shipyard который находится в Слейтпорте (Slateport City). А также Mr. Stone (президент Devon) попросит вас доставить Letter (письмо) его знакомому Стивену (Steven) и даст Вам PokeNav (Pokemon Navigator). В этом устройстве есть карта Хоэна и еще много всего.
Выходите из города и идите назад в Петалбургский лес. Рядом с выходом из Рустборо Вы встретите Брендана\Мей, но он\она просто скажут Вам, что у него\нее кончились покеболы, и что он\она повстречала Mr. Briney. В лесу можете срезать деревце. За ним будет стоять девочка, которая даст Вам Miracleseed (повышает силу травяных атак держащего ее покемона). Пройдите через лес. Когда Вы выйдете из леса, заходите в 
домик на берегу. В нем живет Mr. Briney. Он согласится переправить вас в Девфорд (Dewford Town), а позже в Слейтпорт (Slateport City).
В Девфорде (Dewford Town) один из людей на улице даст Вам Old Rod (старая удочка). С помощью нее можно ловить покемонов в воде. Процесс ловли в Ruby и Sapphire немного отличается от предыдущих игр. Теперь когда покемон попадется на удочку появится надпись "Oh! A Bite!" в это время Вы должны быстро нажать "A". Если нажмете не очень быстро, то Вам дадут еще шанс, а если совсем медленно то покемон уплывет. В одном из домов Вам дадут Silk Skarf (увеличивает силу обычных атак, держащего его покемона). А в другом доме TM36 (Sludge Bomb).
Теперь идите в джим. Лидер Браули (Brawly) использует боевых покемонов. У него Machop 17 уровень и Makuhita 18 уровень. После победы он даст Вам Knuckle Badge (значок сустава). С ним Вам будут подчинятся покемоны до 30 уровня (это касается только покемонов полученных через обмен, пойманные Вами и без значка будут вас слушать). Помимо этого он позволяет использовать HM Flash в не битвы. А также Браули (Brawly) даст Вам TM08 (Bulk Up).
Выходите из джима и направляйтесь на запад Девфорда (Dewford Town). Там есть пещера (Granite Cave). Зайдите в нее. В ней можно поймать sableye (в Sapphire), mawile (в Ruby), а также makuhita, geodude, zubat, а позже когда у вас будет HM Rock Smash Nosepass. Что бы его поймать разбивайте Rock Smash'ем камни. Поговорите с человеком стоящим там и получите HM05 (Flash). С помощью него можно увеличить размер видимой местности в темных местах. Идите вперед и спускайтесь вниз. Вам надо найти еще одну маленькую пещерку, в которой стоит Стивен (Steven). Когда Вы отдадите ему письмо, он даст Вам TM47 (Steel Wing). Теперь возвращайтесь к Mr. Briney и плывите в Слейтпорт (Slateport City).
Позже когда у вас будет HM Surf Вы сможете поплыть от Девфорда (Dewford Town) на восток. Там на 108 маршруте стоит Abandoned Ship (покинутое судно). Напротив покинутого судна есть камень, в котором спрятана Rare Candy. Само судно Вы сможете полностью исследовать, только когда получите HM Dive. Если подняться на второй этаж, а потом войти в 
среднею из нижних дверей и нырнув проплыть на запад, а затем вынернуть, Вы окажетесь в помещении с 6 дверьми. Входите в правую нижнею. В правом верхнем углу комнаты лежит RM. 1 (он блестит, когда Вы входите в комнату). В этой же комнате лежит Water Stone. RM. 1 открывает нижнею левую дверь там лежит TM18 (Rain Dance) и RM. 4. Он открывает верхнею левую дверь. Там слева около урны лежит RM. 6 он открывает правую верхнею дверь. Там лежит Luxury Ball, а в левой части комнаты лежит RM. 2. Он открывает среднею нижнею дверь, за которой лежит Scanner. Его нужно отнести к капитану Стерну (Capt. Stern), он обменяет его на Deepseatooth (если дать его Clamperl'у, а затем поменяться с кем ни будь, то Clamperl эволюционирует в Huntail) или на Deepseascale (то же самое, но Clamperl будет эволюционировать не в Huntail, а в Gorebyss). На втором этаже этого корабля есть комната, в которой лежит Storage Key. Он открывает другую комнату, в которой лежит TM13 (Ice Beam).
На пляже Слейтпорта (Slateport City) одна девочка даст Вам Soft Sand (увеличивает силу земляных атак держащего ее покемона). Помимо этого на пляже есть домик, внутри которого стоят несколько тренеров. Если Вы их победите, то получите 6 бутылок Soda Pop. После этого Вы сможете покупать их по 300 за бутылку. В Slateport Market (это не зданье, а место между пляжем и левым входом в Слейтпорт) можно купить TM10 (Hidden Power) и TM43 (Secret Power). В зданье Pokemon Contests девочка даст Вам Pokeblock Case.
Зайдите на судостроительный завод. 
Рабочий скажет, что капитан Стерн (Capt. Stern) куда-то вышел и предложит Вам самим найти его. Теперь идите в музей (Oceanic Museum). Внутри полно членов Команды Аква\Магма, один из которых даст Вам TM46 (Thief) и убежит. Поднимайтесь на второй этаж, там стоит капитан Стерн (Capt. Stern). Поговорите с ним. В это время появятся два члена команды Аква\Магма и попробуют отнять Devon Goods. Придется сражаться. У первого будет Carvanha 15 уровень, у второго Zubat и Carvanha, оба покемона на 14 уровне. После битвы придет лидер команды Аква\Магма представится, но сражаться не станет, а просто уйдет. Capt. Stern поблагодарит вас, а Вы отдадите ему Devon Goods. Теперь выходите из музея. Можете зайти в местный покеклуб. Там девушка даст Вам Sooth Bell (увеличивает дружественное отношение к тренеру держащего Sooth Bell покемона).
Теперь направляйтесь на север, у развилки стоит Trick House. Когда войдете в дом, подойдите к тому месту стола, где стоит чашка, и нажмите "A". Появится Trick Master поговорите с ним и входите в дверь. В новом помещении найдите бумагу, на
которой записан код от еще одной двери (scroll). А после в эту самую дверь и входите. Снова поговорите с Trick Master'ом и он даст Вам Rare Candy. Этим Вы пройдете первый этап сражений с Trick Master'ом. Возвращайтесь сюда позже и Вы сможете принять участие в других соревнованиях. В качестве призов будут выступать разные, часто уникальные предметы. В частности можно будет выиграть TM12 (Taunt).
Теперь выходите из дома Trick Master'а, и на развилке поворачивайте на восток, а затем на запад. Тут вас ждет новая встреча с Бренданом\Мей. У него\нее будет Shroomish 18 уровень, стартовый покемон во второй стадии развития на 20 уровне и Numel 18 уровень. После победы он\она даст Вам Itemfinder (если его использовать, то он сообщит, есть ли поблизости скрытые предметы).
Продолжайте идти вперед, и скоро окажетесь в Маувиле (Mauville Town). Идите в дом на востоке города, человек в нем даст Вам HM06 (Rock Smash). С помощью него Вы можете разбивать камни преграждающие дорогу. Идите в Bike Shop и поговорите с Риделом (Rydel). Он даст Вам один из двух велосипедов на выбор. Mach Bike или Acro Bike. Первый быстрее, зато на втором можно прыгать, и ездить на одном колесе.
Также в городе стоит Game Corner. 
Чтобы играть в нем Вам нужен Coin Case. Он есть у девочки в доме справа от Game Corner. Она отдаст Вам его в обмен на Harbor Mail, которое можно купить в магазине Слейтпорта (Slateport City) за 50. В Game Cornrer можно покупать или выигрывать монеты (не путать с деньгами). Цена для покупки: 50 монет (Coins) - 1000, 500 монет - 10000. Монеты после этого можно менять на призы. В качестве призов выступают TM и куклы (Dolls). Из TM'ов там есть TM32 (Double Team) - 1500 монет, TM29 (Psychic) - 3500 монет, TM35 (Flamethrower) - 4000 монет, TM13 (Ice Beam) - 4000 монет, и TM24 (Thunderbolt) - 4000 монет. Из кукол там есть: Treecko Doll, Torchic Doll и Mudkip Doll все стоят 1000 монет.
Теперь идите к джиму. У джима стоит Wally и его дедушка. Wally предложит Вам сразится. У него Ralts 15 уровень. После победы Wally с дедушкой уйдут. Идите в джим. Лидер Ваттсон (Wattson) использует электрических покемонов. У него Magnemite 22 уровень, Voltorb 20 уровень и Magneton 23 уровень. После победы он даст Вам Dynamo Badge. С ним можно использовать Rock Smash в не битвы, помимо этого он увеличивает скорость ваших покемонов. А также Ваттсон (Wattson) даст Вам TM34 (Shock Wave).
Выходите из джима и идите на западный маршрут. Там стоит домик Pokemon Day Care в нем Вы сможете развивать своих покемонов. 
А если Вы оставите там двух покемонов противоположного пола, принадлежащих к одной яйцевой группе, то у них будет яйцо, из которого впоследствии вылупится покемон. На этом маршруте можно поймать oddish, volbeat (чаще встречается в Sapphire), illumise (чаще встречается в Ruby), roselia и marill.
Продолжайте идти на запад, и Вы выйдите к Вердантурфу (Verdanturf Town). Зайдите в домик, где проходят соревнования (Pokemon Contest). Работающая там девушка даст Вам Contest Pass (пропуск на соревнование). Теперь Вы сможете принимать в нем участие. А девочка у восточной стены даст Вам TM45 (Attract).
Идите в пещеру. Если от входа пройти чуть на запад, то увидите выход на небольшую полянку. Там стоит человек, который потерял свои очки. Вещь скрыта на пару квадратиков левее его. Но это вовсе не его очки, а Blackglasses (увеличивает силу темных атак держащего ее покемона). Выходите к основной части пещеры и идите туда, где стоят мальчик и девочка, а между ними два камня. Разбейте их при помощи Rock Smash. После 
этого мальчик даст Вам HM04 (Strength). С помощью него можно передвигать камни.
Теперь можете пройти через пещеру. Когда выйдете из нее поговорите с сотрудником Devon. Он расскажет, что в Devon изобрели два новых вида покеболов и даст Вам один из них. Теперь новые покеболы можно покупать в Рустборовском Mart'е. Зайдите в зданье Devon и поднимитесь к директору. Поговорите с ним, и он даст Вам Exp. Share. Дайте этот предмет одному из покемонов в вашей команде, и он будет получать после битвы столько же опыта сколько покемон(ы) участвовавшие в ней, даже если сам он в ней не участвует.
Теперь идите обратно через пещеру в Вердантурф (Verdanturf Town). А от него еще дальше назад в Маувил (Mauville City). От туда идите на север, по 111 маршруту. Разбейте камни заграждающие проход. Продвигайтесь вперед до того места, где из-за песчаной бури пройти нельзя. Там поворачивайте на западный 112 маршрут. Поднимитесь по лестнице вверх и заходите в Fiery Path. Пройдите его и поворачивайте на запад. Там будет домик, в котором ваших покемонов вылечат, как в покецентре. От туда сворачивайте на восток и идите
по 113 маршруту.
На 113 маршруте есть домик, в котором Вам дадут Soot Sack. Теперь Вы сможете собирать пепел с травы, на которой он есть, (та трава, что растет рядом с этим домом) когда идете по ней. Из пепла тот человек, который дал Вам Soot Sack может делать всякие вещи. Рядом с домом, в кучке песка спрятан TM32 (Double Team). Продолжайте идти на восток и дойдете до Фалларбора (Fallarbor Town).
В покецентре поговорите с Lanette. Она расскажет Вам, что она создатель Pokemon Storage System и уйдет. В месте, где похоже упал метеорит спрятан Nugget (его можно продать за 5000). Также в городе есть Move Tutor's House. Человек в нем может научить ваших покемонов атакам, которые они знали или могли знать раньше, но не знают теперь. За работу он просит Heart Scale.
Теперь идите на западный маршрут. Там стоит домик Fossil Maniac. Мальчик в нем даст Вам TM28 (Dig). Чуть западнее этого дома стоит человек с Пученой. Он даст Вам TM05 (Roar). Идите на юг по мосту и зайдите в еще один домик. В нем живет Lanette с которой Вы до этого говорили в покецентре. Она даст Вам Lotad Doll. Рядом с домом Lanette мальчик даст Вам Nanab Berry. Южнее ее дома есть одинокий камень, в котором 
спрятан Carbos. Теперь поднимайтесь в горы и заходите в пещеру (Meteor Falls).
В пещере пройдите на восток. Там стоят члены Команды Аква\Магма и профессор Козмо (Prof. Cozmo). Они украли у профессора метеорит (Meteorite). Тут появится команда Магма\Аква (если до этого была Аква, то теперь придет Магма и на оборот). Первая команда убежит а Макси\Арчи поговорит с Вами и тоже уйдет. Если пройдете еще немного на запад, а потом подниметесь по лесенке то сможете найти Moon Stone. Позже когда у вас будет HM Surf и HM Waterfall Вы сможете исследовать эту пещеру целиком. Там будут покемоны на довольно большом (до 40) уровне. А также там можно будет найти TM02 (Dragon Claw) и TM23 (Iron Tail).
Теперь возвращайтесь в Фалларбор. А оттуда тоже продолжайте двигаться назад через Fairy Path, в то место где стоит подъемник. Раньше там были члены 
Команды Аква\Магма которые не довали Вам пройти, а теперь проход открыт.
Теперь Вы можете воспользоваться Cable Car. Она поднимет вас в горы. Когда Вы выйдите на другой стороне, то увидите много сражающихся членов Команды Аква\Магма. Придеться и Вам, составить им компанию ^_^. Поднимайтесь в горы и идите на север. Там стоят двое членов Команды Аква\Магма, и их лидер Арчи\Макси. Сразитесь с ним. У него Mightyena 24 уровень, Golbat 24 уровень и Sharpedo 25 уровень. Когда победите его он уйдет, к Вам подойдет Макси\Арчи и поблагодарит вас за помощь. Возьмите Meteorite из устройства, рядом с которым стоял Арчи\Макси.
Теперь возвращайтесь назад и идите на юг по Jagged Path. Когда выйдите из него, сверните на восток и скоро Вы окажетесь в Лаваридже (Lavaridge Town). Человек рядом с горячим источником даст Вам Egg (яйцо из которого в последствии вылупится Wynaut). Также зайдите в Pokemon Herb Shop. Это небольшой магазин, в котором продают вещи, которые нельзя купить в обычном магазине. Но если Вы будите их применять, 
то ваши покемоны будут плохо к Вам относится. Один из людей в этом магазине даст Вам Charcoal (увеличивает силу огненных атак держащего ее покемона).
Теперь идите в джим. Лидер Фланнери (Flannery) использует огненных покемонов. У нее две Slugma 26 уровень, и Torkoal 28 уровень. После победы она даст Вам Heat Badge с помощью него можно использовать Strength в не боя, а также теперь Вам будут подчинятся покемоны до 50 уровня. Помимо этого она даст Вам TM50 (Overheat).
Когда Вы выйдите из джима, к Вам подойдет Брендан\Мей и даст Go-goggles.
С ним Вы сможете пройти через песчаную бурю на маршруте 111. А также он\она скажет, что настало время сразится с Норманом в Петалбурге. Выходите из города и направляйтесь на восток. Можете по пути зайти в Fairy Path. Там, сдвинув камни, можно найти 
Moon Stone и Fire Stone. На севере 111 дороги лежат два ископаемых покемона. Это Root Fossil (слева) и Claw Fossil (справа). К сожалению какой бы из них Вы не взяли, второй исчезнет. Эти ископаемые надо отнести одному из ученых в Devon. Он оживит лежащего в Fossil покемона и даст его Вам. В Root Fossil содержится Lileep, а в Claw Fossil содержится Anorith. На этом маршруте можно поймать Trapinch, Sandshrew, Cacnea, а в пещере (сейчас еще закрытой) внизу можно будет поймать Regirock. См, раздел о ловле легендарных покемонов. 
В одном из камней на востоке спрятана Rare Candy.
Теперь настало время возвращаться в Петалбург. Самый простой способ это сделать, заключается в проходе через пещеру, в которой Вам дали Strength. Для этого идите через Маувил в Вердантурф. Оттуда через пещеру в Рустборо, а от туда через Петалбургский лес в сам Петалбург.
Когда придете идите в Джим. Лидер Норман (Norman) использует обычных покемонов. У него Slaking 28 уровень, Vigoroth 30 уровень, и еще один Slaking, но уже на 31 уровне. После победы он даст Вам Balance Badge. Он увеличивает защиту ваших покемонов, а также позволяет использовать Surf в не боя. Помимо этого он даст Вам TM42 (Facade).
Выходите из Джима и идите в дом Wally (слева от Джима). Самого Wally там нет, зато его отец даст Вам HM03 Surf. Теперь если зайдете домой, то там Вам дадут Amulet Coin (если в битве участвует держащий ее покемон, то в конце битвы Вы получите в 2 раза больше денег).
Теперь идите в Олдейл по 102 маршруту, а от Олдейла на северный 103 маршрут. Там при помощи Surf плывите на восток. Продолжайте двигаться туда же, а на 110 маршруте сверните на север. Таким образом, Вы вновь окажитесь в Маувиле.
В центре Маувила стоит Ваттсон (Wattson).
Поговорите с ним, и он расскажет Вам о Новом Маувиле (New Mauville). И попросит Вас сходить туда и отключить генератор, а также даст ключ от New Mauville (Basement Key). Теперь пройдите от Маувила на юг по 110 маршруту, до воды. А теперь плывите на восток. Там есть вход в New Mauville. Найдите генератор и нажмите на кнопку рядом с ним. Генератор остановится. Рядом с генератором лежит Thunder Stone. Теперь возвращайтесь назад к Ваттсону. Он даст Вам TM24 (Thunderbolt).
Выходите из города и идите на восток, там переплывите через воду. Человек на берегу даст Вам Good Rod (Хорошая Удочка). Там же с помощью нее можно поймать Carvanha. Когда пройдете еще чуть вперед, появится Стивен, поговорит с Вами и уйдет. Если пройдете на восток, то увидите много ягод и домик, в котором 
Вам тоже дадут несколько ягод (Nomel Berry, Kelpsy Berry и если составите фразу Rawst Berry). Теперь поворачивайте на север. По пути встретится много тренеров, а также в тех местах растет высокая трава, через которую нельзя ездить на велосипеде.
В конце 119 маршрута стоит Weather Institute. А проход через мост рядом с ним закрывают члены Команды Аква\Магма. Заходите в Weather Institute. Его, как и следовало ожидать, захватила Команда Аква\Магма. Главная тут Admin Аквы\Магмы у нее Carvanha 28 уровень и Mightyena тоже 28 уровень. Когда победите ее к Вам подойдет ученый и даст покемона Castform 25 уровень, держащего Mystic Water (увеличивает силу водных атак держащего его покемона).
Выходите из Weather Institute и идите через мост. Там Вам предстоит очередная встреча с Бренданом\Мей. У него\нее Shroomish 29 уровень, Numel 29 уровень и 
стартовый покемон во второй стадии развитея 31 уровень. После победы он\она даст Вам HM02 Fly. С помощью него Вы сможете летать между городами, в которых Вы уже побывали, но чтобы его использовать, Вам нужен значок из джима в Фортри (Fortree City). Пройдите еще немного на север, а затем на восток и Вы окажетесь в Фортри.
Проход к джиму преграждает нечто невидимое. Зайдите в дом справа от джима. Там стоит мальчик и Вингул, поговорите с мальчиком, и Вингул улетит. Потом когда Вы дойдете до Моссдипа (Mossdeep City) зайдите в дом рядом с Mossdeep Space Center и поговорите со стоящей там девочкой. Вингул улетит и вернется назад в Фортри. Если Вы после этого еще раз поговорите с мальчиком из дома в Фортри, то получите Mental Herb.
Теперь идите на восток по 120 маршруту. А потом поверните на мост. На нем стоит Стивен. Он продемонстрирует Вам Devon Scope (предмет, с помощью которого можно увидеть невидимых кеклеонов). 
Появится невидимый до этого Кеклеон 30 уровень. После того как Вы его победите\поймаете, Стивен отдаст Вам Devon Scope и улетит. Возвращайтесь в Фортри. На обратном пути можете спустится к речке, и, победив еще одного Кеклеона, проплыть по ней до пещерки, в которой лежит TM11 (Sunny Day). В одном из домов вас попросят угадать, в какой руке монетка. Ответе в правой, в правой, в левой (right, right, left) и получите TM10 (Hidden Power).
Ну, а теперь в Джим. Лидер Винона (Winona) использует летающих покемонов. У нее Swellow 31 уровень, Skarmory 32 уровень, Pelipper 30 уровень и Altaria 33 уровень. За победу она даст Вам Feather Badge. Он заставляет подчинятся Вам покемонов до 70 уровня и использовать Fly в не битвы. А еще она даст Вам TM40 (Aerial Ace).
Теперь идите на юг по 120 маршруту, а затем сверните на восточный 121 маршрут. 
В конце 121 маршрута Вы встретите трех членов Команды Аква\Магма, и услышите, как они говорят о том, что отправляются к Mt. Pyre. А еще на 121 маршруте стоит зона сафари. В ней Вы платите 500, и Вам дают 30 Safari Ball чтобы Вы ловили покемонов в ней. Время ловли ограничено - 500 шагами. Сама ловля происходит иначе. Вы не можете сражаться с покемоном. Однако Вы можете его накормить или бросить камень. Первое уменьшает шанс на то, что он сбежит, второе увеличивает шанс поимки. Правда, Вам нужен Pokeblockcase для входа туда. Его Вам даст девочка в зданье Pokemon Contest в Слейтпорте. Идите дальше и Вы выйдите к Лиликову (Lilycove City).
В этом городе много всего интересного. Во-первых, у дверей Lilycove Department Store стоит Брендан\Мей, так что готовьтесь к очередному сражению. У него\нее Swellow 31 уровень, Numel 32 уровень, стартовый покемон на второй стадии развития 34 уровень и Shroomish 32 уровень. После победы он\она уйдет, а Вы сможете зайти в Lilycove Department Store. Это огромный магазин, в котором много чего продается. В частности на 
4 этаже двое продают TM. У правого: TM17 (Protect), TM20 (Safeguard), TM33 (Reflect) и TM16 (Light Screen). Каждый по 3000. У левого: TM38 (Fire Blast), TM25 (Thunder), TM14 (Blizzard) и TM15 (Hyper Beam). TM38, TM25 и TM14 стоят 5500, а TM15 стоит 7500. Помимо этого в магазине много постеров и кукол. Ими можно украсить свою комнату. Во-вторых, в этом городе есть Move Deleter's House. В нем живет Move Deleter с помощью которого можно заставить покемонов забыть любую атаку, даже HM. В-третьих, человек на северо-востоке города даст Вам Lum Berry. В-четвертых, мальчик в доме чуть южнее того места где стоит тот кто даст Вам Lum Berry, даст Вам TM44 (Rest). В пятых, в удаленном камне на берегу спрятана Heart Scale, а в другом камне на севере лежит PP Up (увеличивает максимальное количество PP выбранной атаки). В-шестых, на западе города стоит Lilycove Museum (музей), в котором можно посмотреть на картины с покемонами. Помимо этого в городе много членов Команды Аква\Магма. А если поплывете от берега чуть на юг, то найдете их базу. Правда пройти в нее пока нельзя. Один из стоящих там членов Команды Аква\Магма скажет, что их босс отправился в Mt. Pyre. Вот и Вы отправляйтесь туда же.
Выходите из города по западному маршруту и идите туда, где Вы встретили членов Команды Аква\Магма. Там сворачивайте на юг и плывите к вход в 
Mt. Pyre. Один человек на первом этаже даст Вам Cleanse Tag. Если дойдете до верха, то сможете взять TM30 (Shadow Ball). А, падая от туда вниз, через ямы добудете еще Lax Incense (если покемон ее держит, то точность (accuracy) противника уменьшается) и Sea Incense (увеличивает силу водных атак держащего ее покемона). На первом этаже Mt. Pyre есть выход в горы. Идите туда и поднимайтесь наверх. На втором "этаже" подъема лежит TM48 (Skill Swap). На верху придется сразится, с тремя членами Команды Аква\Магма, но их бос Арчи\Макси уйдет в Слейтпорт. Поговорите с людьми, которые там стоят. Они расскажут Вам, что он украл Red Orb\Blue Orb (Red Orb, если Арчи, Blue Orb если Макси). Также они скажут, что эти орбы никогда не должны быть разъединены. Они попросят вас вернуть украденный орб, и дадут Вам второй. Теперь летите в Слейтпорт.
В Слейтпорте идите в Shipyard. Там Capt. Stern дает интервью, он сделал большое открытие, обнаружил подземную пещеру под 128 дорогой. Когда Вы поговорите с ним, на Shipyard нападут члены Команды Аква\Магма и украдут исследовательскую подводную лодку (Submarine Explorer 1). Теперь летите назад в Лиликов (Lilycove City) и идите на восток к морю. Оттуда плывите на базу Команды Аква\Магма на севере.
На этой базе можно найти мастербол (Master Ball). Уникальный покебол, который может поймать любого покемона с первого раза. Он лежит в комнате с четыръмя предметами, двое из которых электроды, а еще один Nugget. В эту комнату ведет небольшой лабиринт из телепортов, Вам нужен нижний левый телепорт.
В пещере надо найти место где содержат Submarine Explorer 1, 
там придется сразится с админом из Команды Аква\Магма. У него Carvanha, Mightyena, Sharpedo все на 32 уровне. Но когда Вы его победите, подводная лодка уплывет. Теперь выходите из базы Команды Аква\Магма. Трое вайлмеров заграждавших путь тоже исчезнут. Так что теперь плывите на восток.
На 124 водном маршруте стоит Hunter's House (домик охотника). В нем живет Diving Treasure Hunter. Он меняет Shard'ы на камни эволюции. За Red Shard дают Fire Stone, за Yellow Shard дают Thunder Stone, за Blue Shard дают Water Stone, и, наконец, за Green Shard дают Leaf Stone.
Чуть восточнее Hunter's House стоит город Моссдип (Mossdeep City). Идите дом на севере Моссдипа, там живет Стивен (Steven), он даст Вам HM08 (Dive). С ним Вы можете нырять и плыть под водой. Нырять можно в специальных местах, где вода темнее обычного. Чтобы вынырнуть, нужно использовать Dive еще раз. Если Вы, после прохождения всей игры, вернетесь в дом Стивена (Steven), то сможете взять покемона Beldum. Мальчик рядом с домом даст Вам King's Rock. Если Вы дадите его слоупоку, а потом его с кем ни будь поменяете, то он эволюционирует в слоукинга. А если сделайте тоже самое для поливирла, то он эволюционирует в политоеда. На востоке города стоит Mossdeep Space Center (Моссдипский Космический Центр). Там один человек на первом этаже даст Вам Sun Stone. На севере от Mossdeep Space Center стоит домик, в котором Вам дадут Super Rod (супер удочка). В магазине продаются два новых вида покеболов - это Net Ball (хорошо ловит водных и насекомых покемонов) и Dive Ball (хорошо ловит покемонов под водой).
Если от 
Моссдипа поплыть на север, то Вы приплывете к Shoal Cave. В ней стоит человек, который в обмен на Shoal Salt и Shoal Shells сделает для вас Shell Bells. Полностью исследовать внутренности пещеры, можно только в определенное время, когда пещера наполовину заполняется водой. Внутри самой пещеры есть человек который даст Вам Focus Band. Если двигать камень рядом с ним, то можно выйти к проходу в ледяную часть пещеры. Там лежат TM07 (Hail) и Nevermeltice (увеличивает силу атак ледяных атак держащего ее покемона). Также в этой пещере можно поймать spheal.
Ну а теперь в джим. Лидеров в нем двое и это Тэйт (Tate) и Лиза (Liza) сражаться с ними надо в битве 2 на 2 покемона. Они используют психических покемонов. У них Lunatone и Solrock оба на 42 уровне. После победы они дадут Вам Mind Badge. Он увеличивает спец. атаку и спец. защиту ваших покемонов. А также позволяет использовать HM Dive в не битвы. Помимо этого они дадут Вам TM04 (Calm Mind).
Теперь самое время заняться нырянием. Под водой много всего интересного. Во-первых в местах отмеченных как синие квадратики и камнях можно найти Shard'ы, Big Pearl, Pearl, Stardust и Heart Scale 
другие предметы тоже встречаются, но реже. В местах похожих на траву можно ловить покемонов. Появляются они там значительно реже, чем в настоящей траве. В подводных окрестностях Моссдипа можно поймать Chinchou, Clamperl и Relicanth, первых двух поймать не сложно, а вот последний довольно редок.
Если от Моссдипа плыть по 127, 128 маршрутам, а на 129 свернуть на запад, после плыть по 130 и 131 маршрутам, то Вы приплывете в Пасифидлог (Pacifidlog Town). Там в западном доме живет человек, который даст Вам или TM27 (Return), если ваш главный покемон хорошо к Вам относится, или TM21 (Frustration) если плохо. В другом доме на востоке живет девочка которая обменяет вашего Bellossom (эволюционирует из Gloom, если к нему применить Sun Stone) на Corsola.
Теперь плывите на 128 дорогу там ныряйте и ищите пещеру, в которой лежит Submarine Explorer 1. Снова используйте Dive в этой пещере, и Вы окажетесь на базе Команды Аква\Магма (Seafloor Cavern). Ближе к концу пещеры можно найти TM26 (Earthquake).
Пробирайтесь вперед через несколько лабиринтов и Вы найдете небольшую пещерку с участком воды в котором спит Kyogre (в сапфире)\Groudon (в рубине). Там же стоит Арчи\Макси он хочет пробудить Kyogre\Groudon и подчинить его себе при помощи Red Orb\Blue Orb. 
Вы сразитесь с ним. У него Mightyena 41 уровень, Crobat 41 уровень и Sharpedo 43 уровень.
После победы орб Арчи\Макси вдруг к удивлению самого Арчи\Макси начнет изучать странное сияние. Kyogre\Groudon проснется и уйдет. Арчи\Макси позвонят другие члены его команды, стоящие снаружи. Они скажут, что стало слишком дождливо\слишком солнечно. Тут придет Макси\Арчи, а с ним еще несколько членов Команды Магма\Аква. Он скажет, что если нечего не предпринять, то весь мир будет затоплен\превращен в пустыню. Вы выйдите на улицу. Арчи\Макси, наконец, понял, что совершил огромную ошибку. Он не сможет подчинить себе Kyogre\Groudon. Он и члены Команды Магма\Аква уйдут. Прилетит Стивен (Steven). Посмотрев на, то что, творится вокруг, он скажет, что это ужасно и что эпицентр всего этого находится в Сутополисе (Sootopolis), туда-то он и улетит.
Вам тоже нужно попасть в Сутополис. Для этого плывите на 126 маршрут, там ныряйте и ищите пещеру. 
Заплывайте в нее и выныривайте. Так Вы окажетесь в Сутополисе. Плывите к его западной стороне и идите на север. Там стоят Стивен (Steven) и Валлейс (Wallace). Валлейс лидер джима в Сутополисе. Они отведут вас к Cave of Origin, и скажут, что Kyorge\Groudon сейчас там, и только Вы можете его остоновить, потому что у вас есть Blue Orb\Red Orb.
Входите в пещеру и продвигайтесь вперед. По пути возьмите HM07 (Waterfall). С его помощью Вы можете подниматься по водопадам. В конце пещеры, на небольшом участке воды стоит, Kyorge\Groudon. Когда Вы подойдете к нему, ваш орб начнет излучать сияние, а Kyogre\Groudon подойдет к Вам и начнется битва. Kyogre\Groudon будет на 45 уровне, погода при его появлении меняется в соответствующею ему стихию. 
Для Kyogre это вода (как после применения Rain Dance), а для Groudon это земля (а точнее солнце т. к. погода измениться так, как будто был применен Sunny Day). Оба покемона очень сильны, и поймать их непросто. Для поимки Kyogre лучше всего использовать Net Ball (продается в магазине Моссдипа), а Groudon закидайте Ultra Ball. А если не получается, то можно воспользоваться Master Ball'ом, но я не советую вам этого делать, лучше преберигите Master Ball для Латиоса (Latios)\Латиаса (Latias) или хотя бы Regi.
После того как Вы поймаете\победите Kyogre\Groudon выходите из пещеры. Жизнь в Сутополисе вновь вернулась в обычное русло. В доме справа от покецентра Вам дадут Wailmer Doll. 
Девочка Кири (Kiri) в западной части города даст Вам Cornn Berry и Figy Berry. А человек в доме на северо-западе города даст Вам TM31 (Brick Break).
Теперь идите в джим. Перед джимом стоит Ствен (Steven) он поблагодарит вас и улетит. Чтобы попасть к лидеру нужно пройти через три ледовых поля, так чтобы Вы не наступили на одно и тоже место дважды. Лидер Валлэйс (Wallace) использует водных покемонов. У него Luvdisc 40 уровень, Whiscash 42 уровень, Sealeo 40 уровень, Seaking 42 уровень и Milotic 43 уровень. После победы он даст Вам Rain Badge (значок дождя). С ним Вам будут подчинятся покемоны любого уровня, а также он позволяет использовать HM Waterfall вне битвы. Помимо этого он даст Вам TM03 (Water Pulse).
Все значки собраны, теперь настало время сражений в лиге. Лига покемонов в Хоэне находится в городе Эвер Грейнд (Ever Grande City). Чтобы туда попасть плывите от Сутополиса через 126 маршрут на 127. На 127 сначала оплывите камни на севере, а потом плывите на юг. Далее на 128 маршрут. Когда приплывете увидите водопад. С помощью HM Waterfall поднимитесь наверх, там и находится Эвер Грейнд.
На севере города есть пещера, в которой находится Victory Road (Дорога Победы). Это последнее испытание для тренеров перед лигой покемонов. Там можно поймать покемонов в среднем 40 уровня. Также там можно найти TM29 (Psychic). В конце Victory Road к Вам подойдет Wally и начнется битва. У него Altaria 44 уровень, Gardevoir 45 уровень, Delcatty 43 уровень, Magneton 41 уровень и Roselia 44 уровень.
Пройдя Victory Road Вы окажетесь у главного зданья Лиги Покемонов. Внутри расположен покецентр и магазин. Теперь приготовьтесь к самой значительной битве во всей игре.
Вам предстоит победить 4 элитных тренеров (Elite Four), а затем сразится с чемпионом. Во время этих битв Вы не сможете ходить в покецентр, но сможете применять различные предметы. Если проиграете, то сражаться надо будет с начала. Когда приготовитесь идите вперед. Первый тренер Сидни (Sidney) у него Mightyena 46 уровень, Shiftry 48 уровень, Absol 49 уровень, Sharpedo 48 уровень и Cacturne 46 уровень. Второй тренер Фоэб (Phoebe) использует призрачных покемонов. У него Dusclops 48 уровень, Sableye 50 уровень, Banette 49 уровень, Dusclops 51 уровень и Banette 49 уровень. Третий тренер Гласиа (Glacia) она использует ледяных покемонов. У нее Glalie 50 уровень, Sealeo 50 уровень, Sealeo 52 уровень, Walrein 53 уровень и Glalie 52 уровень. 
Четвертый тренер Дрейк (Drake) он использует покемонов драконьего типа. У него Shelgon 52 уровень, Flygon 53 уровень, Salamence 55 уровень, Flygon 53 уровень, и Altaria 54 уровень. Победив, их Вы, наконец, сможете сразится с чемпионом. Чемпион Лиги Хоэна - Стивен (Steven). У него Skarmory 57 уровень, Aggron 56 уровень, Metagross 58 уровень, Armaldo 56 уровень, Claydol 53 уровень и Cradily 56 уровень. Победив, его Вы сами становитесь чемпионом, с чем я вас и поздравляю!
После финальных заставок, Вы окажетесь в своем доме. Спускайтесь вниз. Там к Вам подойдет Норман и даст Вам S. S. Ticket. Это билет на корабль S. S. Tidal. Этот корабль стоит в портах Слейтпорта и Лиликува. Он доставит вас к Battle Tower. Там Вам надо будет выбрать трех ваших покемонов и победить в 8 боях подряд, после чего Вам дадут предмет, увеличивающий одну из статистик вашего покемона.
Три Regi. Чтобы их поймать сначала нужно достать Wailorda, и Relicant. А также Вам понадобится покемон знающий Dig. Dig содержится в TM28, Wailord это эволюционная форма Wailmera (40 уровень) которого можно поймать почти в любой воде. А Relicanth можно поймать под водой, но он редок.
Теперь берите этих покемонов и плывите в Пасифидлог. 
От туда плывите по южным течениям на север. Среди этих течений есть небольшой квадратик, в который можно нырнуть. Ныряйте и плывите вперед. Вы увидите надпись. Прочтите ее и на том же месте используйте Dive, Вы окажетесь в довольно большой пещере. Идите вперед там будут три надписи, подойдите к средней и используйте Dig. Вместо надписи перед Вами появится проход. Заходите внутрь и идите к следующим трем надписям. Теперь переключите покемонов, так чтобы Wailord был последним, а Relicanth первым. Прочитайте среднею надпись. Произойдет землетрясение и будет слышен звук трех открывающихся дверей. А также появится сообщение о том, что где-то открылись двери. Теперь выходите от туда.
Для поимки Regice летите в Девфорд и плывите на север. Вам нужно найти остров на северо-западе. Там стоит камень с проходом в пещеру (Island Cave). Внутри три надписи. Идите к средней и нажмите "A". Не нажимайте "A" еще раз, просто ждите. Через несколько минут откроется проход к Regice. Он будет на 40 уровне.
Для поимки Regirock летите на 110 маршрут в Маувил, а от туда идите на север, к земле на которой песчаная буря (sandstorm). В южной части земли с песчаной бурей стоит пещера с тремя надписями. 
Сделайте два шага вправо от средней надписи, а затем два шага вниз. Теперь используйте Strength. Откроется проход, за которым вас ждет Regirock тоже на 40 уровне.
Для поимки Registeel летите в Lilycove City, а от туда идите на запад по 121 маршруту на 120. На 120 маршруте забирайтесь вверх по лесенкам. Там будет пещера (Ancient Tomb). Заходите туда и встаньте по середине, а затем используйте Fly. После чего проход к Registeel откроется. Он, как и остальные, будет на 40 уровне.
Чтобы поймать другого легендарного покемона Rayquaza летите в Pacifidlog Town и плывите на восток, там, среди камней, есть проход на север. В конце, которого расположен проход в пещеру. Пройдя которую Вы окажетесь у входа в Sky Pillar. Заходите и поднимайтесь вверх. Места с обваливающимся полом проезжайте на Mach Bike. Это довольно сложно, так что придется потренироваться. На самом верху вас ждет Rayquaza. Он будет на 70 уровне. 
Кстати в самом Sky Pillar можно поймать много интересных покемонов на 48-60 уровне. Мне удалось там поймать: claydol, mawile (в Ruby), sableye (в Sapphire), golbat, banette (в Sapphire), dusclops (в Ruby) и altaria (ловите на этаже перед Rayquaza). К тому же это, лучшие место для тренировки покемонов (не считая Лигу).
У Латиос (в Ruby) и Латиас (в Sapphire) нет определенного места поимки. Они будут изредка появляться, после того как Вы пройдете Лигу. Имейте в виду, что они тут же улетят. Поэтому советую использовать мастербол, для их поимки. Вобще-то существует еще один способ их поймать. Для этого Вам нужен специальный предмет под названием EON Ticket. Но, к сожалению, его нельзя найти в игре, без помощи кодов. Получив его, отправляйтесь в Shipyard, и Вы сможете попасть на Южный остров (Southern Island). Там Вас ждет встреча с Латиос\Латиас.