Четвертый сезон начался и закончился в Америке гораздо раньше чем в Японии. Начало американского сезона было положено в 42 эпизоде приключений в Джото, тогда как японского в 76 (JLC35). Таким образом японский третий сезон включает в себя две трети американского четвертого сезона (лишь 18 эпизодов японского четвертого сезона, относились к американскому четвертому сезону). Американский четвертый сезона в целом содержал 52 эпизода, закончившись уже к 93 эпизоду Джото. Тогда как японский четвертый сезон шел до почти середины американского пятого сезона, а точнее до 122 эпизода Джото (MQ29), содержа 47 эпизодов в целом. На показ JLC приходится сразу 4 эндинга. Первым из них был Takeshi no Paradaisu, изначально появившийся в последнем эпизоде JJ, но идущий рекордно мало, лишь в JLC01-JLC05. По не известным причинам в JLC06-JLC015 вместо него использовался вовсе не новый эндинг, а предшествующий ему эндинг сериала Pokemon HaraHara Riree (изначально используемый в JJ26-JJ35, и в измененной версии в JJ36-40). Лишь в JLC16-JLC34 использовался первый действительно новый эндинг Boku No Besuto Furendo E. Он шел вплоть до конца японского третьего сезона. А с самого начала четвертого (JLC35), его заменил Maemuki Roketto Dan, который транслировался как по конец JLC в частности, так и по конец японского четвертого сезона в целом (MQ29), являясь единственным эндингом японского четвертого сезона. Так же стоит отметить, что с начала японского 4 сезона в японской версии сериала впервые изменились дизайн отображения названия эпизода, и сегмента "Dare Da?". Предыдущий дизайн использовался в нем еще со времен первой серии сериала (IL01). Во время трансляции JLC так же был показан четвертый фильм Serebii Toki Wo Koeta Deai (между JLC48-JLC49), ввиду чего в JLC46-JLC49 судя по всему вместо обычных лекций Окидо-хакасэ, было превью этого фильма (в рипах этих серий его нет). А так же второй спешал Myuutsu! Ware wa Koko ni Ari (между JLC21-JLC22), и третий OAV Pikachuu no Fuyuyasumi 2001 (так же между JLC21-JLC22).
Сезон Johto League Champions покрывает приключения друзей от прихода к Коганэ, до ухода из Танба. И включает в себя получение 3-5 значков Джото. В самом первом эпизоде JLC01 друзья прибыли в Коганэ (Kogane \ Goldenrod), встретив в нем ее джим лидера Аканэ (Akane \ Whitney). В этом же эпизоде Сатоси сразился с ней за значок (Regyuraa Bajji \ Normal Badge), но проиграл битву. Однако он смог выиграть его во время повторной битвы, уже в следующем эпизоде. К JLC24 друзья прибыли в город четвертого джима Джото, Эндзю (Enju \ Ecruteak), в том же эпизоде встретившись с его джим лидером Мацуба (Matsuba \ Morty). В следующем эпизоде Сатоси сразился с ним в джиме, и выиграл новый значок (Fantomu Bajji \ Fog Badge). В предпоследнем эпизоде сезона JLC51 друзья достигли города Асаги (Asagi \ Olivine), встретившись в нем с его джим лидером Микан (Mikan \ Jasmine). Однако подобно играм Микан была занята уходом за больным Дэнрю (Denryu \ Ampharos), ввиду чего не смогла сразится с Сатоси. Вместо этого друзья, вместе с ее учиницей по имени Конацу (Konatsu / Janina) отправились на корабле в город Танба (Tanba \ Cianwood). В который они прибыли в самом последнем эпизоде этого сезона JLC52. Конацу достала в нем лекарство для Дэнрю, а друзья встретили джим лидера этого города Сидзиму (Shijima \ Chuck). С которым Сатоси сразился в том же эпизоде, и победил его выиграв Shokku Bajji (Storm Badge). Вечером после битвы Сатоси позвонил вернувшийся в Асаги Конацу, которая сообщила что Дэнрю стало лучше, но Микан все равно потребуется время перед возвращениям к обязанностям джим лидера. Услышав об этом Сидзима порекомендовал друзьям отправится в путешествие по архипелагу лежащему между Асаги и Танбой (Uzumaki Rettou \ Whirl Islands), сказав что на нем есть слухи о появлении таинственного покемона. Сатоси быстро согласился на это предложение, и в самом конце этого эпизода друзья сели на корабль плывущий к ним.
В JLC так же был показан ряд значительных заведений\предметов\персонажей, как из игр, так и из дополняющих их концепции аниме. Так в JLC02 была показана Moomoo Farm, в JLC03 была показана Radio Tower, а в JLC04 был показан Bug Cathing Contest, включая появлением используемых в нем Park Ball. На основе этого соревнования только в аниме было сделано соревнование по ловле водных покемонов, на котором используется уникальный для аниме тип покебола Lake Ball. В JLC05 появился Усоки (который однако не блокировал дорогу в отличии от игр) и Squirtle Bottle. В JLC06 были показаны Ruins of Alph, однако в отличие от игры они были связаны не с аноунами, а известны как место для поиска ископаемых покемонов (так как настоящие Ruins of Alph с аноунами как в игре, были показаны в третьем фильме). В JLC24 были показаны обе башни Экрутека, правда друзья непосредственно зашли лишь в Burned Tower. А в JLC51 была чуть чуть показана Battle Tower (она была представлена в Pokemon Crystal, вышедшем более чем за полгода до этого эпизода). Правда показали ее только снаружи, когда рокеты спутали ее с магазином, а охранники не пустили их внутрь ввиду, отсутствия у них значков. Друзья к Battle Tower даже не подходили. А в JLC52 был показан магазин в котором делают Secret Potion и не названого работающего в нем персонажа.
В отличии от предыдущего сезона, больших изменений в командах покемонов главных героев в этом сезоне не у кого не было, тем не менее ряд изменений все же был. Единственным настоящим изменением в команде Сатоси была эволюция его Chikorita в Bayleef, которая произошла в JLC41. Однако по верх этого Сатоси так же поймал Beedrill в соревновании по ловле покемонов жуков (JLC04), но в этом же эпизоде он отдал его Нанако, так как знал что она собирает желтых и полосатых покемонов. Так же в JLC11 как Сатоси так и Касуми поймали по Seaking по ходу соревнования по ловле водных покемонов. Однако судя по всему они отпустили их в том же эпизоде (сам момент отпуска не показан, однако в последствии они их никогда не использовали). Так же стоит отметить что в JLC37 Сатоси на время вернул от Окидо-хакасэ своего Snorlax для участия в турнаменте по покемон-сумо. С ним он выиграл этот турнамент, получив King's Rock за победу в нем, после чего Сатоси вновь отослал Snorlax в лабораторию Окидо-хакасэ. Никаких изменений в командах Касуми (не считая ловли Seaking, по ходу соревнования), как впрочем и рокетов не было. Тогда как самые значительные изменения в команде покемонов, в этом сезоне были у Такэси. Так в JLC11 его Zubat эволюционировал в Golbat, а в JLC39 он же эволюционировал снова в Crobat. Плюс к тому в 12 эпизоде Такэси снова встретил оригинального тренера его Vulpix Юки (Yuki \ Suzie), и вернул его ей назад.
В Johto League Champions так же был ряд значительных встреч. Самой значительной из которых является встреча с Тору (Touru \ Todd), положившая начало трех эпизодной саге про поиски Articuno. Друзья случайно встретились с ним в JLC30 (изначально они встречались и путешествовали с ним еще в IL53-55), и услышали от него об том, что он стремится сфотографировать Артикуно, который был замечен местными жителями в этих местах. Заинтересовавшись этим друзья на протяжении трех эпизодов (JLC30-JLC32) путешествовали вместе с ним. Однако JLC30-JLC31 были вполне обыкновенными эпизодами, в которых Артикуно появлялся лишь на чуть чуть, и Тору не успевал его сфотографировать. Только JLC32 целиком посвящен поиску Артикуно, в котором друзьям все же удалось напрямую встретится с ним, а Тору его сфотографировать. После чего они расстались с Тору, и продолжили свое путешествие. Попутно стоит отметить, что поверх Артикуно, единственным другим легендарным покемоном показанном в JLC был Raikou. Который всего на несколько секунд появился в JLC23, и быстро убежал, ничего толком не сделав (причем друзья его не видели, его встретил только отделившийся на время от их группы Togepi, и идущий на пару с ним Houndoom). Стоит так же отметить, что это было единственным появлением Raikou в основном сериале (другие появления приходятся на спешалы, фильмы, и ONA). Тору был не единственным встречным друзьями персонажем времен первого сезона. Так в JLC17 друзья вновь встретили Имитэ (Imite \ Duplica), изначально появившеюся в IL37. Вскоре после чего в JLC19 друзья вновь встретили сестру Коги, Аю (Aya \ Aya), изначально появившеюся в IL32. А в JLC12 в аниме вновь появилась оригинальный тренер Вульпкса Такэси Юки (Yuki \ Suzie), изначально появившаяся еще в IL28 (при встрече с которой Такэси и вернул ей Вульпикса). Сигэру так же появлялся в JLC, правда только в одной серии JLC14. Да и Окидо-хакасэ в этом сезоне появлялся не только в виде обычных телефонных разговоров, но и на прямую встретился с друзьями в JLC06 (стоит отметить что Уцуги-хакасэ напротив ни разу не появлялся в JLC). Не обошлось даже без нового появления продавца меджикарпов, приходящегося на JLC44. Впрочем не только герои из первого сезона, но и из предыдущего так же появлялись и в этом. К ним относится второе появление Нанако (Nanako \ Casey) в JLC04. Принявшей вместе с Сатоси участи в соревновании по ловле покемонов насекомых. На котором она поймала Weedle, получила от Сатоси пойманную им Beedrill, и ее Chikorita эволюционировала в Bayleef. Плюс к тому в JLC18 произошло единственное появление в JLC, и последние появление в целом, Буру преследовавшего рокетов в JJ, и его хозяйки Канэйо (Kaneyo \ Muchmoney), а так же ее дворецкого. В этом эпизоде Буру эволюционировал в Гуранбуру, и оставив преследование рокетов, вернулся к своей хозяйке.
На JLC так же приходится первое появления нового важного персонажа Сакуры (Sakura \ Sakura), появившейся в JLC26. Сакура является самой младшей из Kimono Sisters (персонажи представленные в игре, и так же появлявшиеся в этом эпизоде). Подобно Касуми ее сестры не воспринимали ее в серьез, ввиду чего Сакура хотела было уйти от них и начать тренерское путешествие. Даже попросив друзей пойти с ними. И хотя друзья согласились, Сакура сама решила пока остаться в городе, посчитав что ей еще не хватает опыта для начала тренерского путешествия. Впоследствии она так же появлялась еще дважды в MQ17 и PH05. Еще одним позже появлявшимся персонажем была радио ведущая Куруми (Kurumi \ DJ Mary), изначально представленная в играх. Она появилась в JLC03, и позже появлялась в MQ36 и PH07. Так же стоит отметить что Микан (JLC51), и ее ученица Конацу, разумеется так же появлялась в эпизоде про джим матч с Микан (MQ15), и совсем чуть чуть в MQ14, плюс к тому Конацу так же принимала участие и в JLC52 (таким образом появляясь в 4 эпизодах в целом). Впрочем значительные появления не ограничиваются лишь людьми, так Пурин появлялся в двух эпизодах JLC32 и JLC41. Однако особо значительным было появление в JLC первого из показанных в аниме, покемона третьего поколения, а именно Какурэона (Kakureon \ Kecleon). Сам Какурэон изначально был представлен еще при официальном анонсе игр третьего поколения, проходившем во время пресс конференции, устроенной 7 марта 2001 года. В которой он был представлен на пару с еще двумя покемонами Wailmer и Azurill. Все три этих покемона, в последствии появились в четвертом мини фильме (вышедшим 7 июля 2001 года). Однако всего за два дня до его премьеры пятого числа, вышел эпизод JLC48, в котором появились сразу два Какурэона (этот эпизод по сути является рекламой для мини-фильма), принадлежащие двум сестрам путешествующим на дирижаблях по всему миру (где именно они их получили не сказано, но это явный намек на другой регион). Занятно так же что не малую роль в этом эпизоде играл их кейс с драгоценностями, в котором были драгоценности судя по цвету являющиеся рубином, сапфиром, и эмеральдом, как впрочем и драгоценности других типов (этот эпизод вышел за долго до появления официального названия RSE игр, конкретные названия драгоценностей в нем на прямую не упоминаются).