Пятый сезон начался гораздо раньше в Америке, чем в Японии. Хотя в обоих странах они закончились одновременно вместе с окончанием всего первого сериала по Pokemon. Начало американского сезона было положено в 94 эпизоде приключений в Джото, а японского в 123 (MQ30). Таким образом японский пятый сезон почти в половину меньше американского. И в нем было лишь 36 эпизодов, вместо 65 в Америке (64 если считать без запрещеного эпизода). На показ MQ приходится два японских опенинга и эндинга. Это используемые на протяжении всего четвертого сезона, опенинг Mezase Pokemon Masutaa 2k1 и Maemuki Roketto Dan. И используемые на протяжении всего пятого сезона, опнинг Ready Go! и эндинг Pokettari Monsutari. Пятый сезон примечателен тем, что в него входит единственый из запрещеных в Америке эпизодов в Джото Koori no Dokutsu (MQ41). На время трансляции пятого сезона так же приходится показ пятого фильма Mizu no Miyako no Mamorigami (между MQ47-MQ48), и третьего спешала Raikou Ikazuchi no Densetsu (между MQ21-MQ22). Пятый сезон так же примечателен тем, что именно по ходу его, произошел переход на цифровую анимацию. Это произошло в MQ52, и таким образом 14 эпизодов начиная с него, выполненый в цифровой анимации. Так же стоит отметить, что с MQ02 изменилось оформление сегмента Dare Da?. Который стал изображаться подобно 16:9 с полосами сверху и снизу, не смотря на то, что сам сериал был выполнен в 4:3.
Пятый сезон покрывает события сериала от начала приключений на Uzumaki Rettou до отправления Сатоси в Хоэн. Включая сбор 6-8 значков Джото, сражения в Лиге Джото, расставание с Касуми и Такэси, и вовзвращение в Масрау, с последующим отправлением в Хоэн. В самом первом эпизоде друзья прибыли на Uzumaki Rettou (Whirl Islands), и Сатоси с Касуми решили принять участие в как раз проходящем там в это время, соревновании между вожными покемонами Uzumaki Kappu (Whirl Cup). Ввиду чего они отправились в путешестве по Uzumaki Kappu. В целом идущие на протяжении MQ01-MQ14. Само соревнование было показано MQ06-MQ07. В нем Сатоси и Касуми победив ряд опонентов сразились друг с другом. При этом Сатоси проиграл Касуми, которая в свою очередь проиграла следующею битву, против еще одной из усастниц по имени Takami, в последствии проигравшей так и не названавному тренеру, который и стал победителем соревнования. Так же по ходу путешествий по Uzumaki Kappu, друзья были втянуты в историю об похищении Лугии и ее детеныша агентами Рокэтто Дан. Показаную на протяжении трех эпизодов MQ11-MQ13. Лишь в MQ15 друзья вновь вернулись в Асаги (Asagi \ Olivine), в котором Сатоси сразился с его джим лидером Микан (Mikan \ Jasmine), выиграв шестой значок (Sutiiru Bajji \ Mineral Badge). Позже в MQ26-MQ27 друзья оказались втянутыми в еще одно сражение с Рокэтто Дан, помешав ей проведению экспериментов по созданию волны вызывающей эволюцию покемонов. По ходу этого в MQ27 друзья впервые встретиль джим лидера города Тёдзи (Chouji \ Mahogany) по имени Янаги (Yanagi \ Pryce). Однако лишь в MQ29 Сатоси сразился с ним, и выиграл седьмой значок (Aisu Bajji \ Glacier Badge). В MQ42 друзья достигли горда Фусубэ (Fusube \ Blackthorn) и встретили его джим лидера Ибуки (Ibuki \ Clair). Однако сразится с ней Сатоси смог так же лишь после еще одной саги, об рокетах разозливших Драгонайта. Так что фактически Сатоси сразился с ней лишь в MQ45, выиграв последний восьмой значко Джото (Raijingu Bajji \ Rising Badge). От Ибуки Сатоси узнал об том, что соревнования в Лиге Джото известные как Shirogane Taikai (Silver Conference) начнуться через три месяца. Местом их проведения является город Сироганэ (Shirogane \ Silver), находящегося рядом с горой Сироганэ (Shirogane Yama \ Mt. Silver). А для участия в них Сатоси необходимо вернуться к месте изначальной регистрации в Лиге Джото т. к. в города Вакаба (Wakaba \ New Bark). Ввиду чего друзья отправились в Вакабу, достигнув ее в MQ49, и после регистрации отправились к Сироганэ. Прибыв к подножью горы Сироганэ уже в MQ53. Сама сага про Shirogane Taikai проходила в MQ56-MQ63. В ней Сатоси победив ряд тренеров (включа Джзюнити из спешала Raikou Ikazuchi no Densetsu) сразился с Сигэру, победив и его (после чего Сигэру решил стать исследователем покемонов). Однако в последующей битве он проиграл другому тренеру по имени Хазуки (Hazuki \ Harrison), прибывшем из Хоэна. Который в свою очередь проиграл другому тренеру по имени Тосия (Toshiya \ Jon Dickson), ставшему победителем Shirogane Taikai. Попутно Хазуки рассказал Сатоси об регионе Хоэн, посоветовав Сатоси посетить его. В MQ64 друзья вернулись в Канто, и прибыли в город Токива (само путешествие в Канто показано не было). В нем Касуми получила сообщение от своих сестер, об том что они выиграли билет на кругосветное путешествие. Ввиду чего они поросили ее вернуться в джим, что бы присматривать за ним. Такэси в последствии так же вспомнил что у него есть дела в своем джиме, и решил вернуться в него. Ввиду чего Сатоси расстался с друзьями и в одиночку вернулся в Масару. Поначалу он не был уверен, что делать дальше. Однако увидев Хо-ох летящего в сторону Хоэна, он решил отправится в него. Попутно он рещил оставить всех своих покемонов, кроме Пикачу у Окидо-хакасэ. Получив новый покедекс от него же, и новую одежду и билет на корабль идущий от Binnu (город появлявшийся только в аниме, и являющийся местом действия IL66-IL67, в дубляже как в этих эпиходах, так и относительно отправления в Hoenn, это место ошибочно называли Seafoam Islands) до Хоэна от Ханако. Подпылв к берегу Хоэна уже к концу MQ65. На чем и закончился как пятый сезон, так и первый сериал в целом.
В MQ так же появлялось не мало персонажей из стархы эпизодов, и прочих значительных персонажей. Так третьей появление Сигэру в Джото, и первое в MQ приходится на эпизод MQ19, он так же появлялся в эпизодах саги про сражения в Лиге, начиная с MQ57. Кэндзи вместе с Окидо-хакасэ были по многу показаны в MQ16. Действие которого разворачивается больше в лаболатории Окидо-хакасэ, нежеши повествует об приключениях друзей. Окидо-хакасж так же сделал большое появление в посвещеном ему эпизоде MQ36, в котором он появился на пару с Куруми. Появлясь и в последсвтии, порой на пару с Ханако. Уцуги-хакасэ во второй раз появился на прямую в MQ01 (прошлое появление было еще в JJ01), появлясь и в последствии. Новое появление Хироси приходится на сагу про Лугию, т. е. на MQ11-MQ13, в которой друзья действовали на пару с ним. В них так же появлялись Ямато и Косабуро. На MQ17 приходится второе появление Сакуры, а на MQ52 третье появление Нанако. На MQ18 приходится второе появление Мацуба, и появление Минкаи (чуть позже появившегося так же в спешале про Райко). А на пару с Микан, в MQ14-MQ15 появлялась и ее ученица Конацу. Чемпион Ватару появлялся в саге про красного Гярадоса, приходящейся на MQ26-27. В MQ так же появился ряд новых персонажей из Рокэтто Дан. Включая Нанба-хакасэ (руководитель проекта по ловел Лугии), Сирануй-хакасэ (руководитель исследования эвлюционых волн), Тацуми (помощник Сирануй-хакасэ), Jinji (выполняет работу по приему агентов), Kanyu no Baasan (скаут рокетов), и ее Делибёрд появлявшийся в ряде серий. В MQ24 появился Karate Ou Нобухико. Он является лидером не официального боевого джима из первого поколения игр, появлясь и в горах второго. При этом не он, не его джим во время первого сезона показан не был, так что это было его первым появлением в аниме. А в MQ37 впервые появились два агента Pokemon Fushigi Kurabu, позже один раз появлявшиеся и в AG.
По ходу MQ в командах героев произошел ряд изменений. Так Сатоси в MQ19 получил яйцо, из которого в MQ21 вылупился Phanpy. А в MQ16 он по просьбе Окидо-хакасэ, послал ему своего Bulbasaur, который так и остался у Окидо-хакасэ после этого. Став последним из стртовых покемонов первого поколения, которые покинули основную команду Сатоси. Плюс к тому в MQ48 по просьбе Уцуги-хакасэ Сатоси забрал еще одно яйцо покемонов. Из которого в MQ49 вылупился Larvitar. Вместе с которым Сатоси путешествовал до MQ55, вернув его в заповедник, из которого изначально было украдено его яйцо. Однако Larvitar формально не был покемоном Сатоси, и Сатоси лишь присматривал за ним. Что касается изменений в команде Касуми, то она поймала Corsola MQ04. Причем сделав это в полученый в JJ от Гантэцу Lure Ball. А в MQ38 ее Poliwhirl эволюционировал в Politoed. Причем имеющего довольно специфический, не серъезный характер. Единственым изменением в команде Такэси была эволюция его Pineco в Forretress произошедшая в MQ50. Ситуация с Кодзиро более сложная. В MQ52 он вновь встретил продовца мэджикарпов, который предложил ему как извинение за старое поменять его Victreebel, на особого Weepinbell знающего Seet Scent. Что Кодзиро и сделал. Однако в том же эпизоде этот Weepinbell эволюционировал в Victreebel. Причем оригинальный Victreebel Кодзиро рассердил продовца мэджикарпов, а новый Victreebel Кодзиро рассердил Мусаси. В результате оба Victreebel были отпущены, встретили и влюбились друг в друга, уйдя жить вместе. Так что фактически результатом всего этого стало то, что Кодзиро лишился Victreebel. Изменений в команде Мусаси в MQ не было.
В MQ так же было показано пять легендарных покемонов. Двое из них были Лугией и ее детенышем, показаными в соответсвющей саге про их похищение, проходящей в MQ11-MQ13. Сатоси помнил об встрече с Лугией во втором фильме, однако это явно была другая Лугия т. к. она не могла говорить, и не помнила Сатоси. В MQ18 не на долго появился Суйкун. Сатоси так же помнил об встречи с Суйкуном (не ясно той ли что была в JJ01, или той что была в четвертом фильме, скорее всего второе, т. к. он толком не знал какого покемона он видел в JJ01). В MQ33 появлялся Зэпдос, защищающий особое озеро с кристалом внутри, а в MQ50 появился Энтей. Что было их первым показом в основном сериале (и первым показом настоящего Энтея в целом, т. к. тот что был в третьем фильме был иллюзией созданой аноунами). А в MQ64 Сатоси вновь увидел Хо-ох, решив отправится в Хоэн после этого.
В MQ так же было показано не мало покемонов из третьего поколения. Изначально они появились в сериале еще в JLC48, в которым были показаны два Kecleon. Большую часть MQ никаких новых покемоно из третьего поколения показано не было. И единственый их показ до начала саги про Shirogane Taikai приходится на MQ43-MQ46, в которых был показан Wynaut (причем целиком только в MQ46, в предыдущих были показаны лишь его ручки-ушки). Однако с начала показа Shirogane Taikai покемоны третьего поколения стали активно демонстрироваться. Так уже в MQ56 был показан Blaziken, а в MQ61 и Kecleon принадлежащие Хазуки (оба появлялись и в других эпизодах). Тогда как все последующие эпизоды были показаны в MQ63\MQ65. В первом по ходу сцены с рассказом Хазуки о Хоэне и Одамаки-хакасэ, в которой были показали 2 Sharpedo, 2 Wailmer, 1 Zigzagoon, 1 Lotad, 4 Seedot, 4 Shroomish. А в MQ65 во время идущего после эндинга эпилога сериала. В котором было показано 10 Pelipper, 1 Wingull, 2 Sharpedo, 2 Wailmer летящих и плавающих рядом с кораблем на котором Сатоси плыл в Хоэн. В целом в MQ было показано 11 видов покемонов (включая уже представленого в JLC Kecleon). Включая 32 отдельных покемона, 30 из которых были дикими, а два имели тренера (Blaziken\Kecleon Хазуки).